


De fachada axial voltada ao ocidente, sofreu neste corpo modificações relativamente importantes que alteraram a traça primitiva, como o enxerto do coro, que formou um pórtico de vastas proporções e a empena, seguramente construída depois do terramoto de 1755, que atingiu com certa gravidade todo o edifício. Estas obras, de certo modo vultuosas e de épocas diferentes, que afectaram o aspecto exterior, severo e típico da arte ogival quatrocentista, não atingiram gravemente e estrutura dos alçados e do sistema de cobertura, assim como respeitaram a planta gótica da igreja que previa, no desenho original, além do presbitério, as duas capelas laterais destinadas a membros de família do fundador - a do cruzeiro e a do primeiro tramo sul da nave - , onde tiveram jazida irmãos do 1.° Conde de Olivença.
O frontão, triangular, amparado angularmente por dois contrafortes de granito, dispostos obliquamente foi, nos primeiros anos do reinado de D. José I, envolvido por volutas e fachos e o tímpano ornamentado pela águia de S. João Evangelista, símbolo da Ordem.
Larga janela de remate envieirado e de jambas emolduradas, de estuque, que concede iluminação ao coro alto, tem sotoposto discreto nicho gótico, de molduras esmagadas, recentemente posto a descoberto e onde se venerava, ao que se admite, uma imagem padroeira.
O coroamento dos prospectos laterais, em principio revestido de cortinado de ameias do tipo chanfrado, idênticas às da Igreja Real de S. Francisco, sofreu quase total mutilação, decerto imposta na profunda reforma de 1757, como se lê numa cartela aposta na face posterior da empena, que as obras recentes não conservaram. Outra data, moderna, relativa a beneficiações existe na platibanda da fachada sul: 18-10-1856. Dois únicos merlões de alvenaria subsistiram ao grande sismo e são visíveis no reverso da fachada principal, encostados aos pináculos flamantes, barrocos e sobrepujantes ao friso trilobado, gótico, de tijolo vermelho que circunda em cordão ininterrupto todo o edifício incluindo o corpo absidiolar.
É o portal da igreja um belo, embora tardio exemplar do gótico flamejante, com gablete de pedra, antecedido por arco abatido apoiado em feixe de colunas ornadas de capitéis naturalistas, manuelinos, que forma o pórtico do sub-coro, lançado em abóbada de nervuras estreladas, com toros emoldurados e de chaves armorejadas, que nasce em delgados coluneis graníticos. Cinco arquivoltas revestidas de pequenas flores estilizadas, abertas em forma de leque e com capitéis de granito muito frágil, de ornatos também vegetalistas, recebem os fustes de mármore branco, de Estremoz, rompentes de bases flordelizadas dispostas em andares, oferecendo, no conjunto, profundas afinidades com o portado axial da Sé de Évora, protótipo donde saiu o tipo depois generalizado na região. Suspenso na parede do lado do Evangelho, ergue-se formoso baldaquino de pedra de Ançã, adosselado e com armorial dos Melos, apoiado em esbelta coluna marmórea e de inscrição lapidar, onde o ilustre senhor D. Álvaro de Portugal mandou gravar para a posteridade os insignes feitos de armas do glorioso capitão de Tanger D. Rodrigo de Melo, seu sogro e fundador do templo. Esculpida em caracteres góticos, quadrados, reza assim a eloquente crónica medieval, que define bem o espírito e psicologia humana da época:
Ê LOUVOR DE NOSO SNÕR DS E DO APOSTOLO SÃ JOHA EVAGELISTA EDFICOU E DOTOU ESTE MOSTEIRO / O MANIFICO SNÕR DÕ RODRIGO DE MELO CÕDE DOLIVÊCA BISNETO DE VASCO MIZ D MELO Q DEU A VIDA / AO MUY VRTUOSO SNÕR REY DÕ JOÃ O PRIMEIRO E NETO DE MÃTI AFÕ DE MELO O VELHO Q GRANDEMÊTE AJUDOU A / GANHAR ESTE REGNO AO DITO SNÕR REY E F.O DE MATI A.O DE MELO Q BÊ E LEALMÊTE SÊPRE SVIO E FOI O DTO CD CRIADO / DO MUYTO ESCLARECIDO SNÕR REY DÕ A.O O QUITO E R B (45) AÑS O SRVIO CÕ SUA PESOA E GÊTES MUY GRÃDEMÊTE E EN TODAS / AS PASAGS Q O DTO SENÕR REY EM AFRICA FEZ SÊPRE Q ELE FOY E TOMADA A CIDADE DE TÂGER LOGO LHA ÊTGOU / E O FEZ O PMEIRO CAPITÃ GOVÊNADOR DELA E XIII ANS Q A TEVE OUVE TÃTAS PELEGAS E FEZ TÃTOS / DSBARATOS Ê MOUROS Q MUITO POUCO FICOU DO TERMO DLA QUE NÃ FEZ TABUTÃ A DTO SNÕR REY E ÊTROU CÕ / ELE NOS REGNOS DE CASTELA CÕ TÃTA GÊTE E ASY CORRGIDA Q POUCOS DOS MORES DO REGNO LEVARÕ / MAIS E FINOUSE AOS XXV DIAS DE NOVÊBRO ERA DE NOSO SÑOR JHU SPÕ MIL IIII LXXXXVII AÑS / (1497).
Junto da soleira da porta existem duas campas de mármore com estas legendas: